神舟實業總公司是五院最大的綜合性保障服務實體單位，其主要業務內容包括:五院大型試驗保障、運輸服務、醫療服務、通信服務、物業服務、餐飲服務、院房產管理、“五委會”和院基本建設工作。下設科研生產保障中心、運輸服務中心、通信站、基建部、航天城分公司、中關村分公司、白石橋分公司、永豐分公司7個實體部門，和代行院基本建設職能的基建部。
大型試驗后勤保障服務主要承擔著五院型號任務后勤保障服務業務，包含型號產品的公路、鐵路、航空運輸計劃的制定和組織實施，發射場試驗隊的餐飲、住宿、醫療、運輸等后勤綜合保障服務業務。其先進的“聯勤式”保障模式，在航天系統同行業中處于領先地位。
門診醫療服務下設五個門診部，分布在五院京區單位，承擔著五院京區職工和家屬的醫療服務業務，均為北京市社區醫療保險定點服務單位，多次受到北京市衛生局表彰。
運輸保障服務承擔五院科研生產、職工生活等運輸服務業務，業務內容為產品運輸、科研包車、職工班車等，是航天系統內最大的公路運輸單位。
通信服務承擔著五院京區單位科研生產、職工家庭電話及互聯網業務，與科學院、北京聯通及各主要運營商都有互聯帶寬，是目前航天系統京區規模較大的互聯網服務業務提供商。其業務內容為：辦公、家庭電話通信，光纖接入、服務器托管等互聯網綜合業務。
基建工程主要承擔五院基本建設業務。其負責的工程有五院航天城辦公樓、科研樓、廠房、航天城職工住宅、綜合服務樓、神舟大廈、衛通大廈等。
物業服務主要承擔五院所屬京區各廠、所的辦公區、家屬區的物業管理和物業服務輸出等業務，在航天城、中關村、白石橋、永豐地區設有4個分公司。業務內容為房屋租賃、科研區、生活區物業管理，職工食堂，會議服務等項目。目前，擁有神舟大廈等經營資產，承接了航天九院等單位的物業管理和會議服務項目，擁有豐富的物業管理和大型會議服務經驗，廣受客戶的好評。
